ГБОУ центр образования № 46 работает по программе «Школа-Вуз», ориентированной на поступление выпускников в ведущие вузы Москвы: МГИМО(У) МИД РФ, РУДН, МПГУ, РГМУ.

Особенностью работы центра является единая система обучения:
Дошкольное отделение и подготовительные группы — начальная школа (классы с развивающим обучением) — основная школа (классы с развивающим обучением и предпрофильной подготовкой) — лицейские классы. Эта система направлена на создание наиболее благоприятных условий для высокого уровня подготовки обучающихся, обеспечивая их конкурентоспособность при поступлении в вузы.

В 2012 году Государственное образовательное учреждение Центр образования «Школа здоровья» № 46 было реорганизовано путем присоединения Государственного бюджетного образовательного учреждения города Москвы детского сада № 438 и переименовано в Государственное бюджетное образовательное учреждение города Москвы центр образования «Школа здоровья» № 46. Детский сад № 438 вошел в состав центра образования в качестве дошкольного отделения.

В центре открыты лицейские (10-11-й) классы:
• педагогический ( с 1979 года);
• экономический (с 1993 года);
• гуманитарно-правовой (с 1994 года);
• медицинский (с 2004 года);
• информационно-математический (с 2009 года).

Заключены договоры о сотрудничестве с МПГУ, МГИМО(У) МИД РФ, РУДН, РГМУ.

Программы профильных предметов и спецкурсов согласованы с соответствующими кафедрами МПГУ, МГИМО, РУДН, РГМУ и соответствуют программам вступительных собеседований. Совместно с кафедрами вузов проводится мониторинг учебного процесса и контроль за уровнем подготовки выпускников. Некоторые профильные предметы в лицейских классах ведутся преподавателями вузов. Создана система подготовки к ЕГЭ и ГИА.

Обучение в предпрофильных группах в 8 – 9 классах осуществляется по направлениям профильного обучения в старшей школе.
Поступление в профильные классы и в предпрофильные группы осуществляется на конкурсной основе по итогам вступительных испытаний в 9 и 7 классах соответственно.

Центр реализует модель «Школы здоровья». В рамках этой работы проводится мониторинг состояния здоровья обучающихся, занятия, направленные на коррекцию отклонений природного здоровья от нормального, профилактические оздоровительные мероприятия. Особое место отводится внедрению и использованию педагогических технологий, направленных на снижение стресса у учеников.

В центре работают секции каратэ-до, тае-квон-до, шахмат, баскетбола, волейбола, хореографическая студия, эстрадная и хоровая студии, изостудия, киностудия и др.